Компания Google DeepMind объявила о запуске SynthID Bio — системы для маркировки синтетических белков, разработанных с применением генеративного искусственного интеллекта. По словам создателей, система адаптируется к разным видам данных и вносит небольшие распознаваемые модификации в выбор аминокислот пептидных последовательностей, корректируя атомные координаты согласно трёхмерной структуре белка. Моделирование и эксперименты с белками VEGF-A, спайком-облаком RBD коронавируса SARS‑CoV‑2 и контрольной точкой иммунитета PD‑L1 показывают, что такие правки не нарушают функции белков, их сродство к лигандами и вариативность природных последовательностей, и они остаются распознаваемыми.

На визуализации видно помеченный участок связывания VEGF‑A с соответствующим белком, что иллюстрирует принцип действия SynthID Bio. По замыслу разработчиков такие пометки должны сохранять функциональные свойства белков и их взаимодействия с лигандами, при этом не нарушая структурной целостности.

По замыслу создателей SynthID Bio направлена на повышение биобезопасности при синтезе реальных белков, чьи последовательности генерируются моделями типа AlphaProteo, ProteinMPNN и системами для создания бактериофагов. Авторы предупреждают, что существующие инструменты могут обходить традиционный скрининг синтеза ДНК и приводить к появлению последовательностей с неизвестными рисками, а некорректно помеченные синтетические белки способны загрязнить базы данных и библиотеки, ставя под угрозу исследования. SynthID Bio призван обеспечивать проверку таких белков прямо внутри их биологической структуры.

Контекст проекта подчёркивает необходимость снижения рисков, связанных с использованием генеративных моделей в биологии, и подчёркнутое место встроенной идентификации в библиотеках белков. Разработчики указывают, что механизм встроенной в структуру белка пометки поможет избежать неточной идентификации материалов и снизит риск ошибок в данных. В тексте также упоминаются упомянутые фоны исследовательской экосистемы — AlphaProteo, ProteinMPNN и генераторы бактериофагов, внутри которых создаётся и внедряется новый инструмент.